La temporada 1939-1940 comienza con el campeonato de Andalucía, donde el equipo cadista quedaría cuarto por detrás de Sevilla, Betis y Málaga, y por delante de Xerez, Granada, Córdoba y Onuba.
Más tarde iba a comenzar la liga nacional quedando el Cádiz encuadrado en el V grupo (2ª División). Lo curioso es que dos meses antesd e comenzar el equipo cadista no tenía presidente, ni jugadores, ni tan siquiera socios.
Pero pese a todo esto, el Cádiz actuando con solo 17 jugadores y de entrenador el defensa Núñez, resultaría campeón de este V grupo.
Los resultados de esta espléndida temporada fueron los siguientes:
Cádiz 4-Córdoba 1
Ceuta 1-Cádiz 2
Cádiz 4-Malacitano 0
Xerez 1-Cádiz 2
Cádiz 2-Granada 2
Tánger 1-Cádiz 4
Cádiz 4-Huelva 1
Córdoba 1-Cádiz 2
Cádiz 4-Ceuta 0
Málaga 5-Cádiz 3
Cádiz 2-Xerez 0
Granada 2-Cádiz 1
Cádiz 2-Tánger 0
Huelva 1-Cádiz 4
Tras proclamarse vencedor, el Cádiz se tendría que medir con los otros cuatro campeones de grupo, que eran Murcia, Depor, Levante y Real Sociedad. Ascendieron los dos primeros, que fueron Depor y Murcia, quedando el Cádiz tercero igualado a puntos con estos dos.
El 26 de Mayo de 1940 se disputa la final de la Copa del Generalísimo en el Mirandilla, enfrentando al Sevilla con el Tenerife y venciendo los sevillanos. La temporada para el Cádiz termina con una victoria sobre el Atlético Aviación por 2-0.