Se celebra una asamblea con la junta del Balón de Cádiz, llegando a los siguientes acuerdos:
Elevar la cuota de socios a 50 pesetas, adultos; 30 pesetas, mujeres y 25 pesetas infantiles.
Obligación del Balón de alinear a los jugadores del Cádiz que fuesen cedidos a éste. El Cádiz se compromete a ayudar económicamente al Balón. Y por último los dos equipos conservarán independencia con junta directiva distinta.
El equipo empezó mal y terminó mal. Todo lo contrario que la anterior temporada. Los amistosos jugados los pierde con el Puerto Real por 4-2 y con el Algeciras por 4-1 para ganar en Riotinto por 5-0.
El encuentro de presentación se pierde contra el Valladolid por 6-2 en la noche del 25 de agosto en Carranza. Comienza la liga el 3 de septiembre de 1961, empatando con el Albacete en el estadio municipal a cero goles. También la tesorería del club anda regular ya que hay que dar de baja a 630 socios por morosos, quedando reducido el número a 2.679.
Se llega en octubre de 1961 a los cincuenta años de existencia del club, es decir a las bodas de oro, pero debido a la marcha del equipo en la liga no se hace ningún acto para celebrarlo.
En el mes de octubre y noviembre se fichan varios jugadores, pero la situación no mejora. Así se llega al final de la primera vuelta en tercera posición, "por la cola". Llegó al final con apuros aunque salvándose incluso de la promoción de permanencia. La última jornada de liga se juega en casa contra el Granada. El Cádiz consigue vencer en éste encuentro, por lo que un año mas logra la permanencia en segunda, quedando en el décimo puesto de la clasificación.