Comienza esta temporada bien para el cuadro cadista, que ficha a varios buenos jugadores y a un nuevo entrenador, todo esto a base de talonario y debido a la inscripción pro-Cádiz que en octubre ya iba por 66000 pts.
La liga le depara al equipo gaditano un tramo final con las tres salidas a Marruecos: Ceuta, Tetuán y Larache.
En el primer partido ya se habla de decisivo y se organiza una excursión a bordo del buque "ciudad de Algeciras" que no llega a celebrarse debido al mal tiempo. Pero el auténtico partido decisivo se celebra el 8 de diciembre de 1946 contra el Tetuán.
La excursión se organiza en el barco "Ciudad de Ceuta" y los precios desde el muelle de Cádiz,ida y vuelta, eran:
· 1ª clase, 175 pts.
· 2ª clase, 125 pts.
· 3ª clase, 90 pts.
Este partido termina con derrota cadista por 2-1, tras un polémico arbitraje en el que son expulsados 2 jugadores gaditanos. Pese a todo el Cádiz fue capaz de derrotar al lider Melilla en Mirandilla y de ganar al Larache por 1-0 a domicilio, en un partido memorable.
Así, terminó en segunda posición, clasificándose junto al Melilla para jugar la siguiente fase.
Al Cádiz le toca jugar esta segunda fase contra los siguientes equipos: Segarra, Mestalla, Huelva, Olimpica Jiennense, Alicante, Elche y Melilla.
Se termina clasificando en quinta posición a solo dos puntos del potente Mestalla, equipo cargado de muchísimos jugadores que después serían titulares en el Valencia.
Para terminar la temporada se disputó la copa Primavera, copa que no tenía demasiada repercusión ni importancia, en la que el cuadro amarillo termina en cuarta posición de seis equipos participantes.
Al final de esta temporada se produce un pequeño escándalo en el club, donde se denuncia que el jugador cadista Camilo Liz , que había causado baja por enfermedad de su padre, abandonó el equipo para jugar el final de liga con el Córdoba. Al poco tiempo el jugador aclararía todo lo sucedido en una carta publicada en Diario de Cadiz.