La liga comienza el 16 de septiembre de 1945. El Cádiz es incluido en el grupo X de la tercera división. Lo integran los equipos: Algeciras, Málaga, Cádiz, Coria, Huelva, Melilla, Linense, Olímpica Jiennense, Linares y Larache.
El campo de deportes Mirandilla queda con un aforo de siete mil espectadores y con unas medidas de 100 por 64, tras los arreglos sufridos.
Esta temporada el Cádiz termina octavo, eludiendo la promoción tras ganar al líder Málaga por 3-1. Con el equipo malagueño se clasificó el Olímpica Jiennense para jugar la segunda fase. El resto de equipos entran a jugar la copa federación y la copa primavera.
El 1 de febrero de 1946 desaparecen los socios de "general", quedando a partir de entonces una sola clase de socios en el club. Dentro de ese mes se empieza a hablar de la reorganización del Cádiz, y en una asamblea general queda configurada la nueva directiva, que es aprobada el 18 de mayo por la Federación sur de fútbol.
Esta nueva directiva tiene muy poco tiempo de vida ya que ese mismo verano desaparece tras la dimisión del presidente, el señor Alcina. Poco después sale elegido el nuevo presidente, Don Julián Arana Urrurita, cuñado del general Varela, gran aficionado al fútbol y navarro de nacimiento.
Se inician las nuevas gestiones y se abre una inscripción pro-Cádiz en una dependencia colindante al bar Madrid, en la calle Columela.
Se inician gestiones para formar junta y en ese mes de agosto de 1946 queda conformada la nueva directiva, se contrata nuevo entrenador y se fichan jugadores. Todo esto se hizo inicialmente sin dinero que es lo que realmente tenía mérito.