El 19 de septiembre de 1943 se fusiona el Cádiz con el Hércules para salvar así la gravísima situación económica por la que atravesaban ambos equipos.
El Hércules de Cádiz (como se llama ahora el equipo gaditano) pasa a tomar parte del grupo VIII de la tercera división.
El comienzo de la competición no fue nada bueno para el equipo gaditano, y ya a finales de año estaba entre los últimos puestos de la tabla. El día de Reyes de 1944 se celebra un partido benéfico organizado por Cruz Roja, enfrentándose el Hércules al Xerez con un resultado de 1-0 a favor de los jerezanos.
Dada la situación del equipo la afición se desentiende, y la junta directiva dimite al unísono, agravándose mucho la situación económica. Tras finalizar la temporada en el grupo VIII comienza la copa del generalísimo enfrentándose Hércules y Coria en el Mirandilla ganando los gaditanos por 4-0. Después se tuvo que medir al Onuba cayendo por 3-1 en el campo del Velódromo en Huelva.
En el mes de Mayo se tiene que jugar una promoción para mantenerse en categoría nacional. Le toca enfrentarse al
Melilla jugándose la vuelta en Cádiz. Como nota curiosa registramos que a través del cónsul brasileño en Cádiz, se le hace entrega al Hércules de una ayuda económica al club en nombre del Botafogo de Río de Janeiro, consistente en...¡200pts!
Se pierde el primer partido con el Melilla por 3-1. El segundo partido fue dramático y estuvo plagado de incidentes. Hubo varios expulsados, destacando una acción cometida por el jugador gaditano Constancio que le lanzó un puñetazo fenomenal en la boca al árbitro de turno, el señor Álvarez Pérez, tirándole el silbato a varios metros, un puñetazo que se hizo famoso. El Hércules terminó perdiendo el partido por 1-2 con lo que consumó el descenso a regional. Aquello le costó una multa de 5000pts al club y una suspensión por cuatro años al jugador Constancio. Además se vio obligado a pagar 700 Ptas. de la factura del dentista del árbitro.